江西省农科院原子能应用研究所的前身为1959年成立的江西省农科所同位素应用研究室（以下简称同位素室），主要研究工作有60Co小剂量刺激植物生长、同位素32P、35S示踪等研究。同位素室于1960年改为农业物理系，办公地点由土肥系东二楼迁至横岗，在职职工12人。经过1960—1962年的建设，横岗辐照站建成并装入强度为840克镭当量的钴源，开始了辐射育种及辐射灭菌消毒试验工作。1965年农业物理系与作物系合并（对内合，对外不合），文化大革命时期农业物理系撤消，研究工作被停止。

1975年下半年，原农业物理系随作物系由横岗迁回，并正式成为作物所中的新技术应用研究室，主要研究辐射育种、花培高光效育种等。1978年，江西省劳卫所无偿将3200克镭当量钴源装入新技术应用研究室所属辐照站。1983年，新技术应用研究室与水稻系合并组成了水稻研究所，新技术应用研究室因此变成了水稻所的课题组，主要开展了水稻根外追肥试验，32P、35S同位素示踪，猕猴桃保鲜试验等研究工作。

1985年6月江西省农科院和江西省劳卫所合作承担了省科委下达的“钴—60辐射应用开发研究”项目，除专款7万元外，两家各集资2万元，合计11万元，在一年多的时间内将辐照装置进行了改造：旱井变水井，源强增加到1万居里。1991年，辐射育种、同位素示踪及保鲜三个课题组从水稻所分离出来组建成原子能应用研究室，辐照装置又一次进行了改造：源强增加到5万居里，增设了安全连锁、抽排风系统等，已规模化开展了辐射育种、辐射消毒灭菌、辐射化工等研究及有偿服务工作。 1995年，省农科院升格为正厅级单位后，原子能应用研究室改名为原子能应用研究所并隶属省农科院（为副处级单位），挂靠在院水稻研究所，全所在职职工20人，其中高级职称以上科技人员5人，中、初级科技人员4人，主要从事核技术在工业、农业、医药等行业上的应用研究和对外技术服务工作。原子能应用研究所是全国和平利用原子能的会员单位，省核学会核农专业委员会的挂靠单位。该所通过多年来的工作积累和技术创新，不仅拥有多项创新技术并在实践中得到开发利用（如农作物辐射诱变育种技术、药品及医疗用品的消毒灭菌技术、食品辐射保鲜技术、化工产品的辐射改性技术、板栗贮藏保鲜技术等），且已取得了较为丰硕的成果：辐射诱变育成新品种28个，获省科技奖8个，累计推广面积5640万亩，增产粮食13.4亿公斤，花生4500万公斤；每年挽回药品及食品等霉变经济损失600—2000万元。尤其1997年在该所对辐照站进行增源改造以来，对外提供的辐照技术研究领域和技术服务范围不断延深和拓展。

由于所辐照中心日益陈旧老化，安全性、操作性远不能适应我院核农应用研究和我省核能和平利用发展的需求，2001年经过院党政班子研究，决定在南昌市民营科技园内购买10亩土地，建设一座设计容量达50万居里的钴—60辐照装置。经过近一年的建设工期，于2002年底较好地完成了辐照中心工程建设及内部设施的安装、调试工作，2003年4月首次完成实际装源9.2万居里的倒源工作。同时，为了积极响应国家科技体制改革的号召，顺应我省改革发展试点的潮流，原子能所进行了内部的机制改革，组建成立了江西科苑辐照技术开发有限公司，实行“两块牌子、一套人马，一所两制”的运行模式，使科学研究与科技服务有机地结合起来，在探索一种新的管理体制和运行机制中迈出了实质性的步伐。

展望未来，如今拥有了先进的技术设备、科学的管理体系、高效的运行机制、特色的品牌文化、突出的社会资源五大优势的江西省农业科学院原子能应用研究所，在建设创新型国家、实现三个江西、全面服务三农的伟大实践中一定能阔步前进、大有作为！