江西省农业科学院畜牧兽医研究所的前身为江西省农业院动物生产部。1934年3月创建之初分为畜牧组和兽医组，1949～1953年更名为江西省农科所畜牧组，1954～1968年改称江西省农科所畜牧兽医系（1957年4月将国营南昌奶牛场人工授精站并入，1959年1月至1963年7月的江西省农业厅中兽医实验所并入），1968年8月至1971年11月（文革期间）撤消，1971年12月恢复成立江西省农科所畜牧组，1975年12月开始改为现名称。近70年来尽管机构名称几经变更，科技人员换了几茬，但是，坚持以畜牧业生产与兽医防治的关键性技术研究为主、坚持科研为经济建设服务的宗旨始终未变。

20世纪90年代，畜牧兽医研究所对地方优良畜禽品种的利用与改良进行了更深层次的研究，例如分别研究了快慢羽基因对崇仁麻鸡的主要经济性状的影响和自别雌雄技术；从血型因子分析泰和乌鸡和余干黑羽乌鸡两种乌鸡品种的种质特性；泰和乌鸡和崇仁麻鸡配套系的培育等。对鹅、鸭杂交育种进行了重点研究。饲料与营养研究有所突破，新型稻谷饲粮配方养猪技术在省内外广为推广。高产饲料作物繁殖基地规模进一步扩大。畜禽疾病防治研究有所进展。在生物技术工程研究方面，冷冻奶牛胚胎移植黄牛研究取得成功。在畜禽疾病防治方面，主要开展了新型兽药、生物药品的研制和中草药制剂的研制。1998年创办了江西省农科院兽药厂。

2003年全所在职职工42人，其中科技人员24人（高级技术职称6人、中级技术职称10人）。退休职工40人。全所占地面积195亩，有实验大楼一栋（2188平方米），试验基地有试验种猪场、试验鸡场、试验羊场、牧草繁种基地、动物诊疗中心、预混料厂等。

从20世纪50年代以来畜牧兽医研究所共承担国家、省部级科研项目303项。从1978年以来共获厅、局级以上奖励41项，其中国家科技进步奖1项、省（部）级科技进步奖18项；在国内外学术和技术专业期刊上发表论文730篇；出版专著18部。