本所下设办公室、研究室、食用菌菌种厂三个部门。

一、办公室主要职责

1、协助领导抓好督促检查与业绩考评工作；

2、负责文书、印章、证件、办公用品等使用和管理工作

3、负责文秘与组织协调工作；

4、协助领导做好对外宣传与内、外接待工作；

5、抓好环境、安全、后勤等管理工作。

二、研究室分食用菌研究室和微生物研究室

食用菌研究室主要职责：

1、进行常规和珍稀食用菌的研究与开发。

2、进行野生真菌种质资源的收集与驯化。

3、进行工厂化周年栽培模式研究。

4、进行食用菌新品种的示范推广。

5、对国外优良品种的引进和选育。

微生物研究室主要职责：

1、进行微生物农药研究。

2、生物固氮菌、生物肥料的研究。

3、动物饲料添加剂（酵母菌、黑曲霉）研究。

三、食用菌菌种实验厂分食用菌开发部和菌种销售部

食用菌开发部主要职责：

1、进行菌生缘系列的灵芝、虫草产品的生产与销售。

2、进行菌生缘系列珍稀食（药）用菌的生产与销售。

菌种销售部主要职责：

1、进行常规食用菌菌种的生产与销售。

2、进行食用菌相关原材料的销售。