1934年3月，江西省农业院正式成立，成为全国最早设立集教育、科研、推广三位于一体的省级正规农业科研机构，院内设立了农业经济部。1935年农业院修改组织大纲，院内组织进行调整，在农艺部设立了农业经济组。1958年江西省农业科学研究所农经系创建，当时仅有1名科研人员，主要研究任务是人民公社经营管理和农业区划。1968年因文化大革命而撤消。1984年6月，赣府发（1984）第163号文件批准恢复江西省农业科学院农业经济开发研究所（筹备）。1986年10月，经江西省人民政府批准，江西省农业科学院农业经济开发研究所成为江西省农业科学院直辖的七个独立科研所之一。1988年5月更名为江西省农业科学院农业经济研究所。2003年7月江西省农业工程咨询中心成立。

江西省农业科学院农业经济研究所是从事农业经济研究的省级独立科研所，主要为省委、省政府及有关职能部门提供农业及农村经济发展的决策参考，并一直把为全省农业和农村经济发展服务作为重点发展方向。1984年农经所恢复伊始，只有1名科研人员，直到1988年10月才有了固定的办公楼，科研人员增加至8人，科研设施逐步完善。2003年底，有职工12人，其中专业技术人员9人，享受国务院特殊津贴的专家2人。科研设施有计算机9台，打印机4台，数码复印机、照相机、传真机各1台，图书、统计资料、工具书8000余册，每位科研人员都配备了电脑，且能上宽带网进行科研资料的查询，基本实现了办公自动化。建所以来，在上级各有关部门的大力支持下，全所干部职工艰苦奋斗、团结拼搏、与时俱进、勇于开拓，在学科建设、制度建设、合作范围、人才引进和培养等方面，都取得了一定的成绩。曾获江西省科委授予的1991年度科研院所业绩综合考评优胜单位称号。

至2003年底，发表科技论文120多篇，出版科技著作2部。共完成科研项目40多项，在研项目7项，获科研成果奖17项，其中：获国家科技进步二等奖1项；省科技进步二等奖1项、三等奖1项；农业部区划优秀成果三等奖1项；省社会科学优秀成果二等奖1项；省农科教突出贡献二等奖1项，三等奖6项；省科委软科学奖二等奖1项，省农牧渔业技术改进二等奖1项、三等奖3项。这些成果包括农业区划、农业技术经济、粮食问题、农业经营管理、农业资源经济、农业工程咨询等研究及服务领域。